Lyon a restructuré son réseau de surface, dans le cadre d'un programme baptisé Atoubus. Il comprend plusieurs améliorations, notamment dans l'ouest et dans les zones industrielles de l'est lyonnais, mais aussi par la mise en service de 79 autobus articulés afin d'augmenter la capacité unitaire des véhicules, mais parfois compensée par une réduction de l'offre (augmentation de l'intervalle). 26 lignes qualifiées de structurantes et numérotées C1 à C26 sont identifiées, dont le réseau de trolleybus.

Cependant, celui-ci paie un certain tribut, du moins sur le plan qualitatif : la ligne 11 est amputée de la section Jean Macé - Saxe-Gambetta et l'exploitation de la ligne 13, prolongée à Grange Blanche sur une section non équipée de bifilaires. En revanche, sur le plan quantitatif, l'ancienne ligne de bus 59 Part Dieu - Rillieux, devient C2 et bénéficie de la mise en service de la traction électrique.

Au chapitre des griefs, on peut citer quelques exemples :

  • la suppression d'une partie de la desserte de Rillieux Village qu'effectuait la ligne 58, et non reprise par la ligne 33 dont l'itinéraire Croix Rousse - Rillieux n'est pas forcément des plus directs
  • la suppression de la desserte de la rue du Perron à Pierre Bénite sur la ligne C7, anciennement 47
  • le remplacement du 28, exploité en articulés à 8 min d'intervalle par le prolongement de la ligne 13, exploité en autobus standard
  • la réduction à 20 min au lieu de 12 de l'intervalle sur la ligne 25 malgré la floraison de projets immobiliers sur son itinéraire, entrainant la saturation des lignes 38 (devenue C26) et 99 (devenue C9)
  • la perte d'offre entre Terreaux et Jean Macé par la fusion 18 - 44 donnant naissance à C14, l'offre étant alignée sur le 44 (8 min en pointe) et non sur le 18 (5 min en pointe)